廃水サーベイランス

廃水サーベイランスは、廃水に含まれる病原体を検出、同定、特徴付ける方法です。この方法では、地域レベルでの感染拡大やその他の脅威を監視するためのデータが得られます。これらの脅威がどこにあるかを知ることで、コミュニティは公衆衛生への対応中にリソースをより適切に割り当てることができます。廃水からのゲノム情報を使用して、コミュニティに存在する病原体を判定し、コミュニティに存在する可能性のある株とバリアントの数を特定することができます。

下水サーベイランスは、下水サンプルや処理プラントの病原体を検出し、特性解析するための重要なツールです。NGSベースのテクノロジーと併用すると、下水サーベイランスは、RNAやDNAウイルス、細菌、抗菌薬耐性（AMR）マーカーなど、多くの異なる病原体に対する理解を深めることができます。この情報は、多くの感染症の蔓延を追跡し、効果的な対応を発展させるために不可欠です。

下水からのサンプルを使用することで、廃水サーベイランスは既存のサーベイランス手法を補完するのに役立つ可能性があり、次のような利点があります。

• 集団ベースの感染追跡
• 匿名のプーリングテスト
• 疾患拡散に関する地域情報
• 地域レベルの傾向を特定するために、必要に応じて治療施設から得られる簡単で迅速なサンプリング

通常、廃水サンプルには複数の病原体や微生物が含まれますが、臨床サンプルは通常単一の病原体しか含みません。目的の病原体を解析するには、アンプリコンまたはエンリッチメントベースのNGSライブラリー調製法を使用することを推奨します。アンプリコンベースのアプローチでは、プライマーを使用して微生物の領域や単一ウイルスの全ゲノムを特異的にターゲットにし、エンリッチメントアプローチではプローブハイブリダイゼーションを使用して目的のゲノムをキャプチャします。さらに、ショットガンメタゲノムシーケンスは、サンプル内のすべての遺伝子と微生物を解析する包括的な手法を提供します。