Viral Surveillance Panel

SARS-CoV-2、インフルエンザ、ポリオを含む66種類のウイルスの全ゲノムシーケンスと特性評価（ターゲット濃縮機能付き）。

ライブラリー調製時間9時間未満

アッセイ時間

ライブラリー調製時間<2時間

ハンズオンタイム

10～100 ng

インプット量

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概要

Viral Surveillance PanelとIllumina RNA Prep with Enrichmentキットにより、研究者は、SARS-CoV-2、インフルエンザ、ポリオウイルスなど、幅広いウイルスの特性評価ができる全ゲノムシーケンス（WGS）データを取得できます。

  • 公衆衛生に対するハイリスクと特定された66種のウイルスのカバレッジ 

  • RNAウイルスとDNAウイルスの同時濃縮 

  • 廃水、環境、臨床後など、さまざまなサンプルに対応 

ウイルス検出のためのターゲット濃縮

ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントは、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要な高いリード深度を必要とせずに、複数のウイルスのWGSを可能にし、ウイルスの進化や幅広いウイルスサーベイランスに対する洞察を提供します。1さらに、アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス法と比較して、ハイブリッドキャプチャーは変異のキャプチャー・シーケンス・同定の能力を高め、急速に進化するウイルスの感染拡大サーベイランスに最適です。　

ウイルスアプリケーション向けの合理化されたソリューション

この包括的なワークフローは、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、およびデータ解析を統合し、研究者と公衆衛生科学者が1つのパネル/ワークフローで複数の高リスクウイルスを監視できるようにします。 

仕様

Automation capability Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Strand specificity Non-Stranded
アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満
インプット量 10～100 ng
システム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System
テクノロジー イルミナシーケンサー
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
核酸の種類 DNA, RNA
生物種 Virus
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
説明

Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。

必要な製品

ライブラリー調製、プローブパネル、インデックスアダプターを含む2つの完全なキットをご利用いただけます。 

  • VSP w ILMN RNA Prep w Enrich A（インデックスセットA） 

  • VSP w ILMN RNA Prep w Enrich B（インデックスセットB） 

インデックスセットCおよびD、またはマルチプレックスの場合は、 Viral Surveillance Panel、Illumina RNA Prep with Enrichment、 およびインデックスアダプターを別途注文する必要があります。 

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アプリケーション

Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

ウイルスサーベイランスパネル 

2
シーケンス
3
解析

関連するアプリケーションとメソッド

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ドキュメント

製品資料
サポートドキュメント

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Viral Surveillance Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Strand specificity Non-Stranded
アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間<9時間
インプット量 10～100 ng 10～100 ng 容量に基づく（濃度に依存しない）
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
生物種 Virus ヒト, Virus Fungal, Virus, Bacteria
説明

Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。

 SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。

選択ツール：

ライブラリー調製＆アレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。

図

リードカウントとウイルスゲノムカバレッジの向上

すべてのRNA/DNAをシーケンスするショットガンメタゲノムシーケンスと比較して、ターゲットハイブリッドキャプチャーは、宿主および非ターゲット微生物の不要なシーケンスを減らします。

均一なウイルスゲノムカバレッジ

Viral Surveillance Panelのターゲットエンリッチメントプローブは、ウイルスゲノム全体を均一にカバーします。ウイルスコントロールは、既知のコピー数でウイルスコントロールを10 ngヒトRNA/DNAミックスと混合して調製しました。ライブラリーを調製し、ウイルスサーベイランスパネルワークフローに従ってシーケンスしました。

 

廃水サーベイランス

ウイルスサーベイランスパネルまたはショットガンシーケンスを使用して廃水で検出されたウイルス。aウイルス濃度の低いサンプルは、ウイルスサーベイランスパネルを使用すると簡単に検出できます。  

a. サンプルはコロラド州立大学の研究者によって収集され、精製された全核酸は検査のためにイルミナに出荷されました。ライブラリーを調製し、100 ngの全核酸を用いてシーケンスしました 

ウイルスサーベイランスパネルで検出されたウイルス

世界保健機関（WHO）によって公衆衛生に対する重要なリスクとして特定された66種類のウイルスのリスト。2

ウイルスサーベイランスパネルに含まれる
アデノウイルス B型肝炎ウイルス パレコウイルス
愛知ウイルス C型肝炎ウイルス パルボウイルス
アストロウイルス E型肝炎ウイルス ポリオウイルス
Chapareウイルス ヒト免疫不全ウイルス1 ポリマウイルス
チクングニアウイルス ヒト免疫不全ウイルス2 呼吸器合胞体ウイルス
Coronavirus-229E A型インフルエンザウイルス ライノウイルス
Coronavirus-HKU1 B型インフルエンザウイルス リフトバレー熱ウイルス
Coronavirus-OC43 日本脳炎ウイルス ロタウイルス
Coronavirus-NL63 ジュニンウイルス 風疹ウイルス
コクサッキーウイルス カヤサヌール森林病ウイルス サビアウイルス
クリミア・コンゴ出血熱ウイルス ラッサ熱ウイルス サリウイルス
デングウイルス1型 Lujoヘモリファジー熱ウイルス サポウイルス
デングウイルス2型 マチュポウイルス SARS-COV
デングウイルス3型 マールブルクウイルス SARS-COV-2
デングウイルス4型 MERS-CoV ダニ媒介性脳炎ウイルス
東ウマ脳炎ウイルス メタニューモウイルス Tenoウイルスにトルクをかける
エボラウイルス サル痘ウイルス バリオラウイルス
エンテロウイルス ニパウイルス ベネズエラウマ脳炎ウイルス
グアナリトウイルス ノロウイルス 西ナイルウイルス
ハンタウイルス Omsk出血熱ウイルス 西ウマ脳炎ウイルス
ヘンドラヘニパウイルス 腫瘍溶解性ヒトパピローマウイルス 黄熱ウイルス
A型肝炎ウイルス パラインフルエンザウイルス ジカウイルス
 

ライブラリー調製 (4)

Viral Surveillance Panel, RUO 96 Rxns

20088154

イルミナRNA Prep with Enrichmentキットと組み合わせた場合、32、3プレックスのエンリッチメント反応に十分なウイルスサーベイランスパネルが含まれます。ライブラリー調製およびエンリッチメントキットとインデックスアダプターは別売りです。

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VSP w ILMN RNA Prep w Enrich A, 96 Rxns

20087932

96のライブラリーを調製し、その後32の3プレックス濃縮反応で濃縮するためのイルミナRNA Prep with Enrichmentキット試薬、ウイルスサーベイランスパネル、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set Aなど、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。

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VSP w ILMN RNA Prep w Enrich B, 96 Rxns

20087929

96のライブラリー調製に続いて32の3プレックスエンリッチメント反応でエンリッチメントを行う、イルミナRNA Prep with Enrichmentキット試薬、ウイルスサーベイランスパネル、イルミナDNA/RNA UDインデックスセットBのIDTなど、ライブラリー調製とエンリッチメントに必要なすべての試薬が含まれます。

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Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)

20040537

96ライブラリー（32、3プレックスエンリッチメント反応）を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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よくある質問（FAQ）

良質なサンプルの場合、リード深度はサンプルあたり最低2Mペアエンドリード、リード長は150 bpです。廃水のような複雑なサンプルでは、サンプルあたり最低4Mのペアエンドリードを推奨します。

はい。Viral Surveillance Panelを使用して、一度に複数のウイルスの全ゲノムシーケンスを行うことができます。これにより、このパネルはウイルスサーベイランスとウイルス進化の解析に最適です。 

はい。dsRNA、ssRNA、dsDNA、およびssDNAウイルスは、ライブラリー調製を使用して検出されます。

Standardワークフローでは、1回のハイブリダイゼーション（3プレックス）につき3サンプルをプールします。
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参考文献
  1. Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencingとそのヒト感染症への応用。フロントマイクロバイオル 2018;9:2924。2018年11月27日発行。doi:10.3389/fmicb.2018.02924
  2. Bloom DE, Cadarette D. 21世紀における感染症の脅威：グローバル対応の強化。フロント免疫。2019;10:549。2019年3月28日発行。doi:10.3389/fimmu.2019.00549

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