AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel

骨髄がんに関連する40種のDNA遺伝子、29種のRNA融合ドライバー遺伝子、5種の遺伝子発現レベルを調べるターゲットパネル。

5.5~7.5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない)

アッセイ時間

<1.5時間

ハンズオンタイム

20 ngの高品質DNA、10 ngの高品質RNA(プールあたり10ngを推奨)

インプット量

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概要

Myeloid Panelは、血液悪性腫瘍に関連するバイオマーカーを研究するための単一アッセイで、血液サンプルと骨髄サンプルからのDNAとRNAの両方を同時に解析することができます。このパネルでは、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、および若年性骨髄単球性白血病(JMML)などの主要な骨髄性障害に関連するターゲットをカバーしています。主な特徴には以下があります:

主な特長

  • 高価値コンテンツ - CEBPAやFLT3-ITDsなどの難しいターゲットを含む69の遺伝子のバイオマーカーをターゲットにします

  • 迅速で合理化されたワークフロー - わずか10 ngの高品質DNAとRNAから、1日でシーケンス対応ライブラリーを 調製

  • 正確なデータ - ローカルまたはクラウドベースの解析を使用して、5%までの頻度で体細胞変異 を検出

Myeloid Panelは、AmpliSeq for Illumina Polymerase Chain reaction(PCR)ベースのライブラリー調製、Illumina sequencing by synthesis(SBS)、NGSテクノロジー、自動解析を含む統合ワークフローの一部です。

すぐに使えるパネルにより、ターゲットの同定、プライマーの設計、パネルの最適化にかかる時間と労力を節約できます。


仕様


必要な製品

AmpliSeq for Illumina Myeloid Panelワークフローには、Myeloid Panelオリゴ、AmpliSeq Library PLUSキットの1つ、および少なくとも1つのAmpliSeqインデックスキットが必要です。全RNAをcDNAに変換するには、cDNA合成が必要です。

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アプリケーション

ワークフローの例


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run (mid output): 4 DNA, 32 RNA, 3 combined samples (based on >95% at 500x minimum coverage)
Samples per run (high output): 12 DNA, 96 RNA, 11 combined samples (based on >95% at 500x minimum coverage)

2 x 151 bp
2 x 151 bp

MiSeq System

Samples per run with v2 reagents: 7 DNA, 60 RNA, 6 combined samples
Samples per run with v3 reagents: 12 DNA, 96 RNA, 11 combined samples

2 x 151 bp
2 x 151 bp


関連するアプリケーションとメソッド

比較する

AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 TruSight Myeloid Sequencing Panel
Cancer type Hematologic Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing
Specialized sample types Blood, Not FFPE-Compatible, Bone Marrow FFPE Tissue Not FFPE-Compatible
Variant class Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels) Somatic variants, Insertions-deletions (indels)
アッセイ時間 5.5~7.5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 8時間
インプット量 20 ngの高品質DNA、10 ngの高品質RNA
(プールあたり10ngを推奨)
1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨 50 ng
コンテンツ仕様 69の遺伝子(関連する40の主要なDNAターゲット遺伝子、29のRNA融合ドライバー遺伝子、5つの遺伝子発現レベル)にわたるバイオマーカーをターゲットとする がんとの関連性が確認されている50の遺伝子のホットスポット 骨髄性悪性腫瘍に関連する54の遺伝子をターゲットとする。プローブは、がん抑制遺伝子および変異ホットスポットから568のアンプリコンを増幅する。
システム MiSeq Desktop Sequencer, MiniSeqシステム MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
ハンズオンタイム <1.5時間 <1.5時間 3時間
マルチプレックス 最大96プレックス 96のデュアルインデックスの組み合わせ 最大96プレックス
核酸の種類 DNA, RNA DNA
生物種 ヒト ヒト ヒト
説明 骨髄がんに関連する40種のDNA遺伝子、29種のRNA融合ドライバー遺伝子、5種の遺伝子発現レベルを調べるターゲットパネル。 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。 骨髄性悪性腫瘍における体細胞変異検出研究用。

選択ツール:

CEBPA遺伝子の高いカバレッジ

AmpliSeq for Illumina Myeloid Panelで評価されたDNAは、遺伝子転写産物全体にわたる高いリード深度カバレッジを示します。

 

パネル (1)

AmpliSeq™ for Illumina® Myeloid Panel

20024478

固定パネルには、血液悪性腫瘍に関連する74の遺伝子が含まれます。キットには24の反応(24のDNAライブラリーと24のRNAライブラリー)が含まれています。LP PLUSの48反応が必要です。Library PLUS、インデックス、cDNA合成は別売りです。

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ライブラリー調製 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

384ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

24サンプルのラベル付けに十分な24インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

96サンプルにラベル表示できる96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、8 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬とプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

イルミナ、セットA、セットB、セットCおよびセットDの4セットのAmpliSeq CDインデックスが含まれます。各セットには96サンプルにラベルを付けるのに十分な96、8 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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アクセサリー製品 (2)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

AmpliSeq for Illumina RNA Panels(AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom RNA PanelまたはCommunity RNA Panelsなど)で作業する場合、全RNAをcDNAに変換するための反応ミックスと酵素ブレンドが含まれます。反応の数はパネルによって異なります(例:AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom Panelについては1キットあたり100反応、AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panelについては1キットあたり200反応)。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

AmpliSeq for Illuminaライブラリーをシーケンス用に調製する場合のライブラリーノーマライゼーション用のビーズと試薬が含まれます。

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選択中の製品一覧

製品名

数量

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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