AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3

Cancer type	Solid Tumor
Method	Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Specialized sample types	FFPE Tissue
Variant class	Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)
アッセイ時間	5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない）
アンプリコン数	合計4,648、4プール（DNAプール1：1,891アンプリコン。DNAプール2：1,890アンプリコン。RNAプール1：447アンプリコン。RNAプール2：420アンプリコン。）
インプット量	1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨
コンテンツ仕様	161のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット
システム	NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode
テクノロジー	イルミナシーケンサー
ハンズオンタイム	<1.5時間
マルチプレックス	96のデュアルインデックスの組み合わせ
作用機序	マルチプレックスPCR法
核酸の種類	DNA, RNA
生物種	ヒト
説明	固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。

Cancer type

Solid Tumor

Method

Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing

Specialized sample types

FFPE Tissue

Variant class

Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

アッセイ時間

5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない）

アンプリコン数

合計4,648、4プール（DNAプール1：1,891アンプリコン。DNAプール2：1,890アンプリコン。RNAプール1：447アンプリコン。RNAプール2：420アンプリコン。）

インプット量

1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨

コンテンツ仕様

161のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット

システム

NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode

テクノロジー

イルミナシーケンサー

ハンズオンタイム

<1.5時間

マルチプレックス

96のデュアルインデックスの組み合わせ

作用機序

マルチプレックスPCR法

核酸の種類

DNA, RNA

生物種

ヒト

説明

固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。

装置	Recommended number of samples	Read length
MiniSeq System	3 samples per run (high output; assumes minimum coverage of 500×)	2 × 150 bp
MiSeq System	3 samples per run with v3 reagents (assumes minimum coverage of 500×)	2 × 150 bp
NextSeq 550 System	Samples per run: mid output: 16, high output: 48 (assumes minimum coverage of 500×)	2 × 150 bp

装置

Recommended number of samples

Read length

MiniSeq System

3 samples per run (high output; assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

MiSeq System

3 samples per run with v3 reagents (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

NextSeq 550 System

Samples per run: mid output: 16, high output: 48 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

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