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TruSeq Stranded Total RNA | コーディングRNAとノンコーディングRNAを解析する

TruSeq Stranded Total RNA

ヒト、マウスおよびホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織を含むさまざまな生物種やサンプルタイプに対応した、堅牢でスケーラブルな全トランスクリプトーム解析（RNA-Seq）ソリューション。

11.5時間

アッセイ時間

5.5時間

ハンズオンタイム

高品質トータルRNA0.1～1 ug 低品質のサンプルは、さらなる最適化を必要とする場合があります。

インプット量

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TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat（カタログ番号 RS-122-2201, RS-122-2202、RS-122-2203）およびTruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit with Ribo-Zero Gold（カタログ番号 RS-122-2301, RS-122-2302、RS-122-2303）は、それぞれTruSeq Stranded Total RNA Human/Mouse/RatおよびTruSeq Stranded Total RNA Goldに名称が変更されました。製品構成が変更になっています。ライブラリー調製およびインデックスアダプター製品は（キットではなく）別途購入する必要があります。

概要

TruSeq Stranded Total RNAは、シーケンスによるトータルRNA解析用に合理化された、費用対効果の高いスケーラブルなソリューションでトランスクリプトームの明瞭な全体像を提供します。

鎖の向きを正確に測定する全トランスクリプトーム解析

低品質のDNA/RNAやFFPEサンプルなどの幅広いサンプルに対応するTruSeq Stranded Total RNAには、TruSeq RNAテクノロジーのすべての利点とRibo-ZeroリボソームRNA削減ケミストリーが組み合わさっています。本製品は、ストランドの配向の精確な測定と、均一なカバレッジかつ高い信頼度での代替転写産物や遺伝子融合、アリル特異的発現などの特徴の発見により、コーディングRNAおよび複数の形態のノンコーディングRNAの解析を可能にします。

種の互換性

TruSeq Stranded Total RNAはヒト、マウス、ラットのシーケンス用に設計されていますが、さまざまな真核生物種にも適用できます。

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幅広い研究デザインに対応する柔軟なソリューション

TruSeq Stranded Total RNAは、特定の試験デザインのニーズに合うように複数のバージョンが用意されています。

  • TruSeq Stranded Total RNA Human/Mouse/Rat は細胞質rRNAを除去します

  • TruSeq Stranded Total RNA Gold は、細胞質とミトコンドリアの両方のrRNAを除去します

  • トータルRNAキットは、イルミナのIDT - TruSeq RNA UD Indexes の新しいユニークデュアル（UD）インデックスキットとも互換性があり、最大96のサンプルのマルチプレックスが可能です。

高速で自動化に適したワークフロー

イルミナシーケンス用のライブラリーを1日で調製します。イルミナの認定メソッドは、 当社のパートナーを通じて、さまざまな自動化プラットフォームで利用できます。

仕様

Automation capability Liquid Handling Robots
Instruments NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
Method Whole-Transcriptome Sequencing
Nucleic acid type RNA
Specialized sample types FFPE Tissue
Species category Mouse, Human, Rat
Technology Sequencing
Variant class Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants
アッセイ時間 11.5時間
インプット量 高品質トータルRNA0.1～1 ug 低品質のサンプルは、さらなる最適化を必要とする場合があります。
コンテンツ仕様 コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー
ハンズオンタイム 5.5時間
マルチプレックス ロースループットキット：最大12のサンプルをプールします。または、セットAとセットBを併せて最大24のサンプルをプールします。, ハイスループットキット：コンビナトリアルデュアルインデックスまたはユニークデュアルインデックスのいずれかを使用して、96個のインデックスサンプルを調製
作用機序 ビーズベースのrRNA除去、cDNA合成、PCR
生物種詳細 rRNAの除去：ヒト、マウス、ラットのrRNAを除去
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
説明 全トランスクリプトームシーケンシング研究用。トータルRNAバージョンは細胞質rRNAを除去し、トータルRNA Goldバージョンは細胞質およびミトコンドリアrRNAを除去します。

必要な製品

イルミナは、お客様のワークフローを柔軟にするモジュラー式の注文製品方式を採用しています。以下のインデックス付きのライブラリー調製製品をご注文いただけます。 
/

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

TruSeq Stranded Total RNA

2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

RNA profiling: 6-20 samples per run (based on 20 million reads per sample)
Transcriptome analysis: 2-8 samples per run (based on 50 million reads per sample)

2 x 75 bp
NovaSeq 6000 System

RNA profiling (samples per run, dual flow cell): S1: 160, S2: 320, S4: 768. Limited by index combinations (dual). Based on 20 million reads.
Transcriptome analysis (samples per run, dual flow cell): S1: 64, S2: 128, S4: 400. Limited by index combinations (dual). Based on 50 million reads. 

≤ 2 × 100 bp

関連するアプリケーションとメソッド

RNAシーケンス

RNA-Seqは、次世代シーケンサー（NGS）を使用してトランスクリプトーム全体の発現を解析し、既知または新規の特徴を検出し、RNAを定量化することを可能にします。

低品質/FFPE RNA-Seqソリューション

劣化したFFPE組織やその他の低品質サンプルから高品質の結果を得るFFPE RNAシーケンスソリューションを見つけてください。

ドキュメント

製品資料
Support documentation

比較する

TruSeq Stranded Total RNA Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Instruments NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
Method Whole-Transcriptome Sequencing Whole-Transcriptome Sequencing, Metatranscriptome Sequencing
Nucleic acid type RNA RNA
Specialized sample types FFPE Tissue Microbiome Samples, Low-Input Samples, FFPE Tissue
Species category Mouse, Human, Rat Mouse, Human, Rat, Bacteria
Technology Sequencing Sequencing
Variant class Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants
アッセイ時間 11.5時間 約7時間
インプット量 高品質トータルRNA0.1～1 ug 低品質のサンプルは、さらなる最適化を必要とする場合があります。

標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1～1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 
コンテンツ仕様 コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー
ハンズオンタイム 5.5時間 <3時間
マルチプレックス ロースループットキット：最大12のサンプルをプールします。または、セットAとセットBを併せて最大24のサンプルをプールします。, ハイスループットキット：コンビナトリアルデュアルインデックスまたはユニークデュアルインデックスのいずれかを使用して、96個のインデックスサンプルを調製 最大384のユニークデュアルインデックス
作用機序 ビーズベースのrRNA除去、cDNA合成、PCR 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
生物種詳細 rRNAの除去：ヒト、マウス、ラットのrRNAを除去

Ribo-Zero Plusは、ヒト細胞質およびミトコンドリアrRNA・マウスrRNA・ラットrRNA・細菌（大腸菌および枯草菌）rRNA・ヒトβグロビン転写産物を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 

Ribo-Zero Plus Microbiomeは、Ribo-Zero Plusが除去した転写産物だけでなく、多様な微生物種、ATCC MSA-2002、MSA-2005、MSA-2006を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
説明 全トランスクリプトームシーケンシング研究用。トータルRNAバージョンは細胞質rRNAを除去し、トータルRNA Goldバージョンは細胞質およびミトコンドリアrRNAを除去します。

低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 

選択ツール：

ライブラリー調製＆アレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。

図

高品質なストランド情報

RNA発現量の一貫して正確な測定は、テクニカルレプリケート間の高い再現性に反映されます。これらのFFPE組織のテクニカルレプリケートは高い一致率を示し、堅牢なライブラリー調製性能を示しています。軸はlog2（FPKM）です。R2 値を示す。

転写産物全体の均一なカバレッジ

TruSeq Stranded Total RNAは、新鮮凍結腫瘍（FF、上図）とFFPE腫瘍（下図）、および一致する正常乳房組織の両方において、上位1000個の発現転写産物全体に優れたカバレッジを提供し、アライメントされたストランドの>98%のリードを実現します。X軸：転写産物に沿った位置、Y軸：組み合わせたリードのカバー率。

ライブラリー調製 (4)

TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep Human/Mouse/Rat (48 Samples)

20020596

ヒト、マウス、およびラットのrRNAを枯渇させるRiboZeroビーズ、RNAをcDNAに転写するPCRマスターミックス、および48のサンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターと精製ビーズは別売りです。

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Discounts:

TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep Human/Mouse/Rat (96 Samples)

20020597

ヒト、マウス、およびラットのrRNAを枯渇させるRiboZeroビーズ、RNAをcDNAに転写するPCRマスターミックス、および48のサンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターと精製ビーズは別売りです。

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TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold (48 Samples)

20020598

ヒト、マウス、ラットのrRNAとミトコンドリアrRNAを枯渇させるRiboZeroビーズ、RNAをcDNAに転写するPCRマスターミックス、48サンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターは別売りです。インデックスアダプターと精製ビーズは別売りです。

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TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep Gold (96 Samples)

20020599

ヒト、マウス、ラットのrRNAとミトコンドリアrRNAを枯渇させるRiboZeroビーズ、RNAをcDNAに転写するPCRマスターミックス、48サンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターは別売りです。インデックスアダプターと精製ビーズは別売りです。

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インデックスアダプター (4)

TruSeq RNA CD Index Plate (96 Indexes, 96 Samples)

20019792

TruSeq Stranded RNA HT Kit 96 Samples Adapter Plate Box

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TruSeq RNA Single Indexes Set A (12 Indexes, 48 Samples)

20020492

48の個別RNAサンプルを調製するための24のインデックス（インデックス：2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18、19）のうち12を含みます。

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TruSeq RNA Single Indexes Set B (12 Indexes, 48 Samples)

20020493

48の個別RNAサンプルを調製するための24のインデックス（インデックス：1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25、27）のうち12が含まれます。

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IDT for Illumina – TruSeq RNA UD Indexes v2 (96 Indexes, 96 Samples)

20040871

96サンプルにラベルを貼るのに十分な96、8 bpのインデックスを含み、TruSeq Stranded mRNAおよびTruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kitと互換性があります。バージョン2には、プレート20022371内の192のインデックスオリゴのうち8つの改善が含まれており、残りの184は変更されていません。ライブラリー調製およびプローブパネルは別売りです。

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アクセサリー製品 (1)

Illumina Ribo-Zero plus rRNA Depletion Kit (96 Samples)

20037135

ヒト、マウス、ラット、細菌、およびグロビン転写産物からリボソームRNAを枯渇させるためのRibo-Zero Plus枯渇モジュールが96サンプル含まれています。精製ビーズ、ライブラリー調製試薬、インデックスアダプターは別売りです。ライブラリー調製試薬を含む完全なキットについては、Ribo-Zero Plusキット付きIllumina Stranded Total RNAを注文してください。

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サービス (1)

TruSeq Total RNA Training

15044069

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

NextSeq 500/550 v2.5 Kits

試薬v2.5キットは、開始蛍光強度を維持する弾力性のあるフローセルを使用しており、以前のバージョンと比較して安定性とパフォーマンスが向上しています。

TruSight Hereditary Cancer Panel

遺伝的がんリスク素因に関連する113の遺伝子および125のSNPにわたる生殖系列変異を評価するターゲットシーケンスパネル。

TruSeq Stranded mRNA

mRNAからシーケンスライブラリーを調製し、ストランド特異的情報でコーディングトランスクリプトームを明確に把握します。

TruSeq RNA Exome

ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織やその他の低品質のサンプルからRNAをシーケンスするための再現性と経済性を兼ね備えたソリューションを提供します。わずか10 ngのトータルRNAから得られる精度

Illumina RNA Prep with Enrichment

幅広いサンプルタイプとRNAインプット量から、エンリッチメントおよびインデックス配列ライブラリーを生成するための、高速で統合されたワークフロー。

限定使用ラベルライセンス：本製品とその使用は、Max Planck Gesellschaft氏が所有する米国および米国外で発行済みおよび/または申請中の1件以上の特許出願の対象であり、New England Biolabs, Inc.に独占的にライセンス供与され、Illumina, Inc.に二次ライセンス供与されています。Illumina, Inc.、その関連会社、またはその認定再販業者および販売業者から本製品を購入すると、購入者（購入者が学術団体であるか営利団体であるかは問わず）が購入した製品数および製品の構成品を使用する譲渡不可の権利が購入者に譲渡されます。本製品の購入は、前述の特許または製品の製造を意図する特許出願のいかなる主張に基づくライセンスも譲渡するものではありません。購入者は、本製品またはその構成品を第三者あるいはその他の者に販売または譲渡したり、以下の商業目的で使用することはできません。（1）製品またはその構成品を製造に使用する、または（2）ヒトまたは動物の治療または予防目的で製品またはその構成品を使用する。

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