デスクトップ型次世代シーケンサー：MiSeqシステム
MiSeq（マイシック）システムは使い易さを追求し、最速のラン、幅広いシーケンサーアプリケーションを可能にしたコンパクトなデスクトップ型次世代シーケンサーです。多くの実績をあげてきたイルミナのSequence by Synthesis (SBS) 法により高い信頼性を誇るシーケンス結果を産出できます。PCR産物（アンプリコン）シーケンス、クローンチェック、微生物ゲノムシーケンスなどのこれまでキャピラリーシーケンサーで行ってきた研究はMiSeqにより低コストかつ迅速に高精度な結果を得ることができます。また次世代シーケンサーの利点を生かしたマルチプレックスPCR産物シーケンス、ターゲットリシーケンス、Small RNAシーケンスへの応用も可能となります。Nextera DNAサンプル調製キットにより、さらに迅速なワークフローをご提供します。
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特長
- 最速のランタイム：サンプルからデータまで最短8時間
- 使いやすさを追求したデザイン：圧倒的なスピードを誇るサンプル調製と、クラスター形成とデータ解析を一体化した自動化システム
- 高いスループット：約2Gbのデータ量と、1000万-1400万リードを高速ランにより産出
- 実績のある次世代シーケンスケミストリー：最も高精度な変異検出と高品質データ
- 幅広いアプリケーション：キャピラリーシーケンサーアプリケーションに加えて、強力で低コスト、スピーディな次世代シーケンサーアプリケーションもカバー
パフォーマンス
| リード長 | ラン時間* | データ量 |
|---|---|---|
| 1 x 35bp | 3.2 - 3.5時間 | 440 - 550Mb |
| 2 x 25bp | 4.6 - 5.0時間 | 640 - 800Mb |
| 2 x 100bp | 14時間 - 16時間 | 2.5 - 3.1Gb |
| 2 x 150bp | 20.7時間 - 24時間 | 3.7 - 4.6Gb |
| 2 x 250bp** | 35時間以下 | 6.0 - 7.0Gb |
*ペアエンドの場合は、ペアエンドの時間も含みます。
**2 x 250 bpでのパフォーマンス、産出データ、増幅、シーケンス時間は2012後半の予定仕様です。
- 1 ｘ 35bpのランで、90％以上の塩基がQ30以上の精度
- 2 ｘ 25bpのランで、90％以上の塩基がQ30以上の精度
- 2 ｘ 100bpのランで、85％以上の塩基がQ30以上の精度
- 2 ｘ 150bpのランで、75％以上の塩基がQ30以上の精度
MiSeqワークフロー
MiSeqは次世代シーケンサーの中でも最速のワークフローをご提供いたします。またランデータの保管と共有をBaseSpaceクラウドで行うことができます。
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アプリケーション
MiSeqでは微生物などのゲノムサイズの小さい生物種から、臨床研究に応用できるヒトターゲット領域シーケンスまで幅広いアプリケーションが可能です。
大腸菌ゲノム解析例
大腸菌 K12 MG1655株をMiSeqとHiSeqでシーケンス解析しました。MiSeqでは150bp x2のランを、HiSeqでは100bp x2のランを実施。CASAVA 1.8a5とDe novo アセンブルにはVelvetをを使用しています。いずれのランも、85%以上の塩基がQ30を超えるデータクオリティをもち、GCのカバレッジも均一な結果が得られました。
- MiSeq 大腸菌データRead 1 （FASTQ） & Read 2 （FASTQ）
- MiSeq システムで行う de novo バクテリアシーケンス
- MiSeqを用いた大腸菌シーケンス：Ion Torrentシステムとの比較
FFPEサンプル由来KRAS変異検出例
FFPE由来の直腸癌および胃癌のサンプルから、KRAS第2エクソンをPCRで増幅。低頻度の変異も、深いシーケンスカバレッジで捉えることができました。1回のランで5サンプルを同時に解析しています。
その他のアプリケーション例
メタゲノム解析、構造変異（欠失）、バクテリア解析など、MiSeqでは様々なアプリケーションが可能です。
- マルチプレックスの16SメタゲノムをMiSeqで高速解析
- Cold Spring Harbor 学会でのポスター（MiSeqアプリケーション例）
- MiSeqシステムテクノロジーおよびアプリケーション説明資料
MiSeqによる研究報告
