GenomeStudio Data Analysisソフトウェア

イルミナのすべてのプラットフォームで得られたデータは、GenomeStudioで視覚化および解析ができます。この強力な情報解析ツールは、次世代シーケンサーで産出されるシーケンスベースのデータや、iScanシステムおよびBeadXpressリーダーから得られるマイクロアレイベースのデータの一次解析をサポートします。最適化されたツールと使いやすいインターフェースにより、すばやく簡単にデータから意味ある結果を導き出します。

拡張性のあるインフォマティクスソリューション

GenomeStudioソフトウェアパッケージは、７つのアプリケーションモジュールで構成されています。これらのモジュールを使うことで、異なるアプリケーションから得られたデータを比較して、ゲノム、遺伝子発現および発現調節の包括的なビューを得ることができます。必要に応じて新しいモジュールを追加することもできます。

GenomeStudioソフトウェアモジュール

	DNAシーケンスモジュール	シングルリードおよびペアエンドDNAシーケンスデータの視覚化 リファレンスゲノムにマップされたリードアライメントの視覚化 発見されたcSNPとdbSNPのマッチング
	RNAシーケンスモジュール	リファレンスシーケンスやスプライスジャンクションセットなどにアラインしたリードの視覚化 エクソン、遺伝子領域、スプライスジャンクションのカウントの解析および視覚化 データテーブルからgenome viewerあるいはchromosome browserへの相互リンク
	ChIPシーケンスモジュール	DNA・タンパク結合部位のマップ 実験グループによる結合レベル差の検出
	ジェノタイピングモジュール	合わせて210万のマーカーとプローブに関するSNPジェノタイピングおよびCNVデータの解析 異常値の検出
	遺伝子発現モジュール	異なるゲノム間での遺伝子発現差の解析 マイクロRNA発現プロファイリング mRNAデータとマイクロRNAデータをひとつのプロジェクトで解析可能
	メチル化モジュール	シトシンのメチル化を1塩基の解像度で検出 全ゲノムにわたるメチル化のシグネチャーを同定
	タンパク質解析モジュール	免疫タンパク質アッセイの解析

イルミナのプラットフォームを用いて得られたデータは、二次あるいは三次解析をおこなうためのその他の解析ソフト
ウェア へGenomeStudioからプラグインを使って簡単にエクスポートすることができます。

GenomeStudioソフトウェアの特長

• 統合解析：イルミナのすべてのプラットフォームから得られたデータを解析可能 - Genome Analyzer、 iScanシステム、BeadXpressリーダー
• マルチアッセイ解析：複数のアッセイタイプのデータを同じプロジェクト内でまとめて解析可能
• 強力なフレームワーク：解析結果を表でアウトプット - イルミナGenome Viewer (IGV)やイルミナChromosome Browser (ICB)グラフィックツールをつかって、すばやく簡単に解析結果を視覚化
• 洗練された解析プラットフォーム：広い範囲のアプリケーションをサポートする高パフォーマンスアルゴリズムと統計計算パワー
• オープンアクセス：他の解析ツールに対応した様々なフォーマットでのデータのエクスポート
• 柔軟な設計：新しい機能はプラグインで追加可能

GenomeStudio Softwareデータシート（英語PDF）はこちら

GenomeStudioでの解析に必要なPCの最小仕様

		シーケンスデータ解析	マイクロアレイ解析	シーケンスデータ & マイクロアレイ 両方の解析
	CPU	Intel Pentium 2.0 GHz 以上	Intel Centrino Duo 以上	Intel Centrino Duo 以上
	Processor	64-bit	64-bit	64-bit
	Memory Size	4 GB 以上	8 GB 以上	8 GB 以上
	ハードディスク	250GB 以上	100GB 以上	250GB 以上
	ディスプレイ	1,280 x 1,024 以上	1,280 x 1,024 以上	1,280 x 1,024 以上
	Operating System	英語OS Windows XP 、Vista 、Windows7	英語OS Windows XP 、Vista 、Windows7	英語OS Windows XP 、Vista 、Windows7
	Specific OS Requirements	Microsoft .NET Framework 3.5	Microsoft .NET Framework 3.5	Microsoft .NET Framework 3.5
	Network Connection	1 GbE 以上	1 GbE 以上	1 GbE 以上