シーケンスアプリケーション： トランスクリプトーム解析
今までできなかったトランスクリプトームの世界が探索できるようになりました。どの生物種でも、mRNAでもncRNAでも、既知情報をもっていなくても、次世代シーケンサーを使えば新たな発見が可能です。
イルミナの次世代シーケンサーはリード長を選ぶことができ、またストランド特異的な解析も可能です。圧倒的なリード数でデータに厚みをつけることにより、コーディング領域のSNPやスプライスバリアントのジャンクション、転写産物のアイソフォーム、6桁のダイナミックレンジがもたらす幅広い遺伝子発現プロファイル解析ができます。
mRNA-Seq
Poly-Aを伴う転写産物を同定し、定量します。次世代シーケンサーで行う遺伝子発現解析の強みは、遺伝子発現プロファイルだけではなく、融合遺伝子の探索やコーディング領域のSNPあるいは変異を観察できることにあります。ロングリードと圧倒的なリード数を誇るイルミナの次世代シーケンサーでは、こうした考察が1回のランで複数のサンプルを対象に行えます。
超微量スタートのRNA-Seq
Clontech社のSMARTer Ultra Low RNA Kit を使えば、わずか100pgのtotal RNAから実験が可能です。イルミナ次世代シーケンサー用に開発されたこのキットは、高感度な遺伝子発現解析を実現します。
- SMARTer Ultra Low RNA Kit このキットの国内の販売およびサポートはタカラバイオ株式会社が行っています。
ストランド特異的なRNA-Seq
転写産物のストランド情報を知ることで、トランスクリプトームのアノテーションや微生物ゲノムにおけるプロファイリングが可能となります。
- Epicentre社ScriptSeq mRNA-SEq Library Preparationキット このキットの国内の販売およびサポートはエアブラウン株式会社が行っています。
Small RNA
Small RNAの探索と発現プロファイル解析は、次世代シーケンサーのなかでも強力なアプリケーションです。どの生物種でも事前情報を必要とせずに、低発現の稀なsmall RNAの探索や、配列から2次構造の情報などを得ることができます。新規のmicroRNAの発見、エディティングの特徴づけ、サンプル間の発現比較などが1回のランで行えます。
