シーケンスアプリケーション： エピゲノム解析
次世代シーケンサーを使って、1塩基の解像度で完全なエピゲノム地図を作りませんか？クロマチン免疫沈降（ChIP）やバイサルファイト変換、メチル化制限酵素や抗体とシーケンサーを組み合わせることで、DNAメチル化からヒストン修飾、クロマチン構造、DNA結合タンパクまで、ゲノムにわたるエピゲノムの大規模なマッピング解析が行えます。
- 高精度：バイサルファイト変換でホモポリマーが続いても、高精度な1塩基解像度のDNAメチル化解析が行えます。
- 高感度：数千万のリードを用いることによってゲノム上に広がるDNAタンパク相互作用部位のマッピングが低ノイズで行えます。
- 高解像度：結合領域のSNPあるいは塩基変異の検出や、50塩基内の解像度でピーク検出が可能です。
- マッピング精度：高品質な100bpリードを用いることで、より確実にゲノムにマッピングができます。
ChIP-Seq
疾患や生物学上のメカニズムを理解する上で、遺伝子発現を調節するDNAとタンパク質の相互作用を観察することは不可欠です。ChIP法と大量並列シーケンスを組み合わせたChIP-Seqでは、コスト効率よくゲノムワイドなDNAタンパク結合サイトのマッピングが行えます。
ChIP-Seqでは、まずあるタンパク質に特異的に働く抗体を用いてDNAとタンパク質の複合体を濃縮させます。得られたDNAの両端にオリゴアダプターを付加し、cBotシステムでDNA増幅を行い、イルミナ次世代シーケンサーにてシーケンスを読み取ります。これまでのタイリングアレイを用いたChIP-Chip法と比べて、ChIP-Seqでは圧倒的にスタートのサンプル量を低減できるだけでなく、全ゲノムにわたる包括的なマッピングがコスト効率よく行えます。そしてほとんどのChIP-Seq実験は、フローセルのわずか1レーンを用いて行うことができるのです。
ChIP-Seqでは結合サイトが精度よく検出できるだけではなく、圧倒的なリード数により幅広いダイナミックレンジを誇り、結合の強度も定量することができます。またわずか10ngのChIP DNAからスタートにもかかわらず、全ゲノムマッピングが高いSN比（低いノイズ）で行えます。
