PorcineSNP60 BeadChip
PorcineSNP60 BeadChipは、イルミナのカスタムプログラムiSelectを利用して、国際コンソーシアムと共同開発しました。このBeadChipには60,000以上のSNPが搭載されています。ブタゲノム全体にわたり、約40kbごとに1マーカーを配置しています。この12サンプル同時に解析できるBeadChipは、ブタの複数の品種での遺伝的多様性をコスト効率よく高精度に解析できるツールです。この品種には、Duroc, Landrace、PietranおよびLarge Whiteが含まれます。PorcineSNP60 BeadChipは、全ゲノム関連解析やその他以下のようなアプリケーションをおこなうのに十分なSNP密度を備えています。
- ゲノムワイドなマーカーセレクション
- 遺伝的メリットの調査
- QTL解析
- 比較遺伝学研究
新規および検証されたコンテンツ
既存のデータベースや研究結果から新たに発見されたSNPを含む51万以上の候補SNPから、Porcine SNP Chipコンソーシアムが最終的な高品質マーカーパネルを選択しました。このパネルは、マーカー選択のためのいくつかの基準により最適化されています。基準には、サンプルを繰返しシーケンスした結果から決定されたマイナーアレル頻度や、アレルのカウント、クオリティスコア、マーカー間距離、位置、検証結果などがあります。最終的にパネルに搭載されているSNPのうちの43,000以上は、イルミナGenome Analyzerによるディープシーケンスにより発見されたものです。またSNPの大部分は、porcine reference genomeのbuild 7にマップされています。
PorcineSNP60 BeadChipの特長
- 高品質データ：99％＜のコールレートと99.9％の再現性を実現するInfiniumアッセイとBeadArrayテクノロジー
- 新規および検証済みコンテンツ：既知のマーカーと次世代シーケンサーにより新たに発見されたSNPを搭載
- シンプルなワークフロー：PCR不要のプロトコール
- 少ないDNA必要量：サンプルあたり200ngで実験可能
マーカーリストはProduct Literature（USサイト）にて、ご覧いただけます。
