FFPEサンプル解析
ホルマリン固定パラフィン包埋組織（FFPE）には、ヒト癌研究のための多くの価値ある情報が含まれています。しかし、FFPEサンプル中のDNAは通常、高度に分解されており、多くの場合は全ゲノムジェノタイピングによる良い結果を得ることは困難です。Infinium HD FFPEアッセイは、FFPE由来のDNAに最適されたアッセイで、独自のQCテストとDNA回復ステップにより再現性のある高いコールレートのアレイ解析を実現します。
特長
- 解析に必要なDNA 量はわずか100ng (HumanMethylation 450では250ng)
- 癌・GWAS 研究に最適なゲノムワイドな多型解析、メチル化解析を可能に
- FFPE に最適化されたプロトコールにより、高精度アレイ解析を実現
シンプルなDNA修復ワークフロー
FFPEサンプル由来のDNA を抽出後、RT-PCR用のプライマーを含むInfinium HD FFPE QC KitによりDNAの質を評価します。QCテストをパスしたDNAサンプルのダメージは、Infinium FFPE DNA Resotre Kitにより修復します。これらのステップにより、適さないDNAサンプルでの解析により生じる無駄な時間とコストの消費を軽減します。FFPEサンプル用には、12サンプルを同時解析できる2種類のBeadChipをご用意しています。
実績あるInfinium BeadChip
HumanOmniExpress_FFPE-12とHumanCytoSNP_FFPE-12は、洗練されたtag SNPを選択することでゲノムを包括的にカバーし、それぞれ癌・GWAS研究に適した69万、26万のマーカーが搭載されています。高密度かつ均一な間隔で配置されたマーカーにより、構造変異を正確に検出し、正常サンプルだけなく癌サンプルでも精度の高い結果を得ることができます。また、HumanOmniExpress _FFPE-12 BeadChipはサンガー癌ゲノムプロジェクトで同定された癌関連遺伝子の97%をカバーしています。HumanMethylation450 BeadChipもまたFFPEサンプルに対応しています。 HumanMethylation450 はゲノム網羅的な485,000のメチル化サイトを１塩基レベルの解像度で解析することを可能にします。高解像度で定量的なメチル化計測により、癌でのメチル化の変化を捉える有用なツールとなります。
