BovineLD BeadChip

BovineLD BeadChipは多数のサンプルを解析可能なコスト効率の良いツールで、BovineSNP50 BeadChipへのインピュテーションにも安定してお使いいただけます。世界のウシゲノムをリードするUSDA-ARS（米国農務省農業研究局）、DPiViC（豪国ビクトリア州第一産業省）、INRA（仏国国立農業研究所）、UNCEIA（酪農人工受精協会）と共同で開発されました。ゲノム上に均一に広がる6,909のSNPマーカーを搭載したこのアレイは、特に乳牛品種におけるスクリーニングに有用です。さらに、Infiniumアッセイを用いたこのアレイでは1,000から80,000のSNPマーカーを追加することがき、柔軟性の高いソリューションをもたらします。

BovineLD BeadChipのコンテンツは、BovineSNP50 BeadChipで得られた過去のデータから乳牛品種において最適なインピュテーション効率をもたらすSNPを選択しています。In silicoの検証では、ターゲットとする品種においてマイナーアリル頻度（MAF）を最適化すること、ゲノム上に均一なすペースでマーカーを配置すること、そして染色体末端に密度を高めてSNPを搭載することにより、効率の良いインピュテーションが得られることがわかりました。このアレイに搭載しているコンテンツはすべての染色体に加え、X染色体およびミトコンドリアDNA、Y染色体の既知ハプロタイプも含みます。均一なゲノムカバレッジにより、平均値では383kb、中央値で347kbのマーカー間隔をもっています。

24サンプルを同時に処理可能なフォーマットはInfiniumアッセイを用い、業界でも屈指のコールレート、再現性、精度をもたらします。PCRフリーのシングルチューブで処理できるサンプル調製フローによりマニュアルの作業を削減し、ハンドリングエラーも最小限に留めます。